UNIFESP/HOSPITAL DO RIM/SP;  CEIS (Centro de Estudos de Insetos Sociais)-UNESP/Rio Claro/SP e Universidade Federal de Sergipe (UFS). Labs. de  Biotecnologia microbiana, Monitoramento ambiental, Professor do PPGBBM: Helena Costa COLABORAÇÃO: Diversas, projetos, artigos e utilização de infraestrutura.

Universidade Estadual de Maringá (UEM). Com a colaboração da Profa. Dra. Rosane Marina Peralta no Projeto de Pesquisa "Prospecção de enzimas de interesse biotecnológico, industrial e agrícola produzidas pelo fungo T. stromaticum" e a Profa. Andréa M.Costa.

Universidade Estadual do Sudoeste da Bahia – UESB, Itapetinga, BA Pesquisador envolvido: Mara Albuquerque * PPGBBM, Lab.s: Biotecnologia microbiana, Monitoramento ambiental, Professor do PPGBBM: João C.T.Dias  COLABORAÇÃO: Diversas, projetos, artigos e utilização de infraestrutura.

Universidade Estadual do Sudoeste da Bahia (UESB)- Universidade Estadual do Sudoeste da Bahia (Campus de Vitória da Conquista) Pesquisador: Profa. Dra. Aldenise Alves Moreira. Professor envolvido: Aline Silva. Colaboração: interação microbiana entre fungos e formigas.

Universidade Estadual de Feira de Santa- UEFS, Feira de Santana, BA. Pesquisador envolvido: Antonio Azered, Aristoteles Goes Neto, Maria Gabriela Bello Koblitz, Pablo Rodrigo Fica Piras, Angélica Maria Lucchese, ALEXSANDRO BRANCO SANDRA, Hélio Mitoshi Kamida, APARECIDA DE ASSIS - PPGBBM, lab. de biotecnologia microbiana, Professores envolvidos: Ana P.T.Uetanabaro, Rachel P.Rezende. COLABORAÇÃO: Projeto Coleção de Culturas; Outros projetos e intercambio entre discentes.

Universidade do Estado da Bahia (UNEB de Senhor do Bonfim). Pesquisadores envolvidos: Ana P.T.Uetanabaro, Rachel P.Rezende, João C.T.Dias, Gervásio Paulo da Silva. COLABORAÇÃO: início de projeto de fermentação em colaboração.

Universidade Federal do Amazonas (UFAM). Pesquisadores envolvidos: Ana P.T.Uetanabaro, Rachel P.Rezende, João C.T.Dias, Takeshi Matsuura; Francisca Teixeira. COLABORAÇÃO: Projeto Coleção de Culturas. COLABORAÇÃO: Projeto Actinobactérias e Projeto Coleção de Culturas.

Universidade Federal de Pernambuco (UFP). Pesquisador envolvido: Ana P.T.Uetanabaro, Rachel P.Rezende, João C.T.Dias, Cristina S. Motta. COLABORAÇÃO: Projeto Coleção de Culturas.

Instituto Nacional de Qualidade em Saúde (INCQS - FIOCRUZ/RJ). Pesquisadores envolvidos: Ana P.T.Uetanabaro, Manuela da Silva. COLABORAÇÃO: início de projeto em colaboração na área de biorremediação.

 Instituto Nacional do Cancer (INCA/RJ). Pesquisadores envolvidos: Ana P.T.Uetanabaro, Ricardo Luís da Silva. COLABORAÇÃO: em projetos que envolvam atividades biológicas (antitumoral).

Universidade Federal do Piauí (UFPI). Pesquisadores envolvidos: Ana P.T.Uetanabaro, Rachel P.Rezende, João C.T.Dias, José de Ribamar Rocha. COLABORAÇÃO: Projeto Coleção de Culturas e PPBIO.

Museu Paraense Emílio Goeldi (MPEG). Pesquisadores envolvidos: Ana P.T.Uetanabaro, Rachel P.Rezende, João C.T.Dias, Maria da Graça Bichara Zoghbi. COLABORAÇÃO: projetos que envolvam extratos e óleos essenciais de plantas do Pará.

Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Pesquisadores envolvidos: Ana P.T.Uetanabaro, Rodrigo Catharino Ramos. COLABORAÇÃO: Projeto envolvendo Cachaça de Alambique.

Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG) Lab. de Ecologia e Biotecnologia de Leveduras  Professor envolvido: Carlos Augusto Rosa- PPGBBM  Ciências Biológicas, Lab. Microbiologia de alimentos Professores do PPGBBM: Ana P.T.Uetanabaro , Rachel P.Rezende, João C.T.Dias COLABORAÇÃO: Diversidade, ecologia e aplicações biotecnológicas de fungos mitospóricos, leveduras de cacau.
Pesquisador Jacques Robert Nicoli- PPGBBM Professor envolvido: Ana P.T.Uetanabaro.

Universidade Federal de Uberlância (UFU) – Esta parceria é estabelecida por meio do projeto “Identificação de moléculas alvo visando o mapeamento e controle da neosporose e toxoplasmose animal”. Este projeto aprovado pelo Edital 20/2008 do Programa de Apoio a Núcleos de Excelência PRONEX MG (FAPEMIG-CNPq) tem como objetivo identificar alvos protéicos destes parasitos apresentando capacidade de modulação da invasão celular, tráfego intracelular e resposta imune do hospedeiro, visando o controle e diagnóstico da neosporose e toxoplasmose animal. Este projeto é coordenado pelo Prof.  José Roberto Mineo da UFU, sendo que a produção dos alvos recombinantes são realizados no Lab. de Proteômica do CBG UESC, sob coordenação do Prof. Carlos P.Pirovani.

Universidade de São Paulo (ICB) – USP de São Paulo – Parceria solidária entre os programas de Biologia e Biotecnologia de Microrganismos PPGBBM da UESC e Microbiologia da USP entre os professores e discentes dos cursos intermediado pelo professor pesquisador Carlos Taborda (USP) e Carla C.Romano (PPGBBM UESC).

Insituto Adolfo Lutz - Dra Adriana Pardini Vicentini- Lab. de Imunodiagnóstico. Prof. Carla C. Romano.COLABORAÇÃO: realização de diagnósticos imunológicos ainda não realizados na UESC.

Universidade Estadual Paulista UNESP (IB-Campus de Rio Claro-SP). Pesquisador: Prof. Dr. Maurício Bacci Júnior. Professora: Aline Silva. COLABORAÇÃO:  Diversas, projetos, artigos e utilização de infraestrutura.

Universidade Federal do Rio Grande do Sul- Parceria solidária entre programas PPGBBM UESC e PPGBMC da UFRGS através do programa Casadinho do CNPq, coordenado pela professora Cristina Pungartnik (PPGBBM UESC). Parceria também através da rede “GENOPROT:Genômica e proteômica comparativa de genes envolvidos na síntese de ácidos graxos e no acúmulo de lipídeos em sementes de oleaginosas de interesse econômico” Envolvendo o Prof. Rogério Margis da UFRGS e os Profs. Carlos P.Pirovani e Julio C.M.Cascardo da UESC.

Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ), Rio de Janeiro - RJ
Parcerias entre o pesquisador Alexandre Soares rosado (Micro UFRJ) e da professora Rachel P.Rezende (PPGBBM UESC) em projeto CTPETRO CNPq.

Centro de Pesquisa do Cacau (CEPLAC), Ilhéus – BA * PPGBBM, Lab.s: Monitoramento ambiental, Microbiologia Professores do PPGBBM: Aline Silva, João C.T.Dias, , Cristina Pungartnik COLABORAÇÃO: Projetos e infraestrutura

Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa) – Unidade Embrapa Mandioca e Fruticultura Tropical (Cruz das Almas - BA) Lab. de solos- PPGBBM , lab. de biotecnologia microbiana, solos, monitoramento ambiental. Professores do PPGBBM : Ana P.T.Uetanabaro, Eduardo Gross, João C.T.Dias, Rachel P.Rezende. COLABORAÇÃO: análise de solos.
Implantação da rede Norte e Nordeste de coleções de culturas de microrganismos do Brasil (RENNEBRA). Professora: Ana P.T.Uetanabaro

Michelin do Brasil (PMB), Ituberá – BA Pesquisadores envolvidos: Carlos Raimundo Reis Mattos e Dominique Garcia (CIRAD e UESC). PPGBBM lab. de genômica e lab. de solos. Professores do PPGBBM: Ana P.T.Uetanabaro, Julio César de Matos Cascardo, Eduardo Gross. COLABORAÇÃO: colaboração técnica científica sobre diversidade e potencial de fungos patogênicos da seringueira. Análise e bioprospecção de microrganismos do solo.

MARS CENTER FOR COCOA SCIENCE, Itabuna/BA. Professora Ana P.T.Uetanabaro, Martin Brendel, Cristina Pungartnik e Julio C. M. Cascardo. Colaboração: melhoria no processo de fermentação de cacau, identificação de bioprodutos com atividade antifúngica, micotoxinas (Ocratoxina A).
Refinaria Landulpho Alves, São Francisco do Conde, BA. Área ambiental. *PPGBBM Lab. de Biotecnologia Microbiana. Professores do PPGBBM: João C.T.Dias, Rachel P.Rezende. COLABORAÇÃO: apoio logístico e de coletas para projetos do fundo setorial de Petróleo e gás CTPETRO CNPq.

Associação de Produtores de Água Ardente de Qualidade de Itarantim/BA (APAQUI) Presidente: Sr. Braz Alves Ferreira Fazenda Apaqui, Região do Jundiá - Meio Rural parceria com a professora Ana P.T.Uetanabaro.

Alemanha -DEUTSCHE SAMMLUNG VON MIKROORGANISMEN UND ZELLKULTUREN (DSMZ) - Coleção Alemã de Microrganismos e Cultura de Células
Pesquisador envolvido: Dagmar Fritze e a pesquisadora do PPGBBM Ana P.T.Uetanabaro, com colaboração técnico-científica entre os professores das duas instituições envolvendo Sistemática Bacteriana e suas aplicações.

França . CIRAD, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Centro de Cooperação Internacional em Pesquisa Agronômica e Desenvolvimento) Professores envolvidos: Fabienne Micheli, UESC, Departamento de Ciências Biológicas através da colaboração com o Dr. Julio C.M.Cascardo em colaboração técnico-científica entre os professores das duas instituições envolvendo Sistemática bacteriana e suas aplicações.

Argentina- Instituto de Lactologia Industrial (INLAIN) da Universidad Nacional del Litoral, parceria entre o pesquisador Celso Gabriel Vinderola e as professoras do PPGBBM Carla C.Romano e Ana P.T.Uetanabaro envolvendo aplicações biotecnológicas