O processo seletivo do programa de Pós-graduação em Biologia e Biotecnologia de Microrganismos costuma ocorrer duas vezes ao ano, em dezembro, para ingresso no primeiro semestre e em julho, para entrada no segundo semestre. A seleção é aberta a qualquer candidato brasileiro portador de diploma de graduação ou mestrado e estrangeiro, desde que tenha domínio da língua portuguesa e inglês instrumental. Os candidatos são aprovados por vaga de professor, mas classificados por ordem geral para distribuição de bolsas, priorizando os mais bem colocados. A quantidade de bolsas varia ano a ano, dependendo da disponibilidade das agências financiadoras e de cotas dos orientadores, por isso não há garantia de bolsas para todos os aprovados. As regras de cada processo seletivo são explicitadas em editais específicos.