1. Cultivos em Ambiente Tropical Úmido
Abrange pesquisas científicas nos campos de propagação de plantas, fisiologia e ecofisiologia vegetal e manejo de cultivos.
2. Melhoramento de Plantas e Biotecnologia
Reúne projetos relacionados ao melhoramento genético de espécies anuais e perenes de importância para a região tropical úmida, além de avaliações e técnicas importantes ao estabelecimento de um programa de melhoramento.
3. Proteção de Plantas
Tem como objetivo realizar pesquisas básicas e aplicadas nas áreas de biologia e ecologia de ácaros, insetos, micologia e nematologia, além de estudar o manejo integrado de pragas e doenças.
4. Solos e Nutrição de Plantas em Ambiente Tropical Úmido
Engloba projetos que visam estudar e identificar as principais limitações edáficas da agricultura do trópico úmido; avaliar o uso e manejo dos solos da região e seus impactos ambientais em virtude da ocupação antrópica; estudar o solo como agente filtrante, transformador e retentor de substâncias, além de estabelecer níveis críticos nutricionais para as principais culturas de interesse regional.