Entre os anos de 2002 e 2003, a Reitoria da Universidade Estadual de Santa Cruz recebeu representantes do movimento negro e coordenação do PRUNE para tratarem de políticas de reserva de vagas e de reformulação dos critérios para a isenção da taxa de inscrição do vestibular, tendo sido parcialmente e precariamente atendidos nestas reivindicações.
      Em abril de 2004, a atual Reitoria publicou portaria estabelecendo uma comissão para promover estudos sobre a viabilidade de implantação do sistema de cotas no Concurso Vestibular da Universidade Estadual de Santa Cruz. Após algumas reuniões ainda preliminares, de contato com a questão e um unico debate, realizado em junho de 2004, confrontando posições contra e a favor das cotas raciais, esta comissão não mais foi convocada.
      Com a implantação do PRODAPE em 2005 e o desenvolvimento do programa Bantu-Iê ainda no segundo semestre do mesmo ano, foi dado um novo fôlego às ações afirmativas para a população negra nesta região, especialmente por meio da realização do Censo Étnico-Racial e da Especialização em Educação e Relações Étnico-Raciais, que trouxeram à tona as duas reivindicações anteriormente proteladas.
      Em abril de 2006, a partir de debates realizados na turma da Especialização, uma proposta coletiva de Resolução para implementação da Reserva de Vagas no processo seletivo da UESC foi enviada à Reitoria. Esta proposta foi assinada por diversos movimentos sociais da região, entidades negras, representantes da Câmara Municipal de Itabuna, dos cursos pré-universitários populares e da própria turma de estudantes.
      Simultaneamente o PRODAPE enviou à Reitoria uma proposta de  alteração dos critérios para isenção da taxa de inscrição do Vestibular e, em 12 de julho, após movimentos negros, parlamentares, estudantes da Especialização, de pré-universitários populares e secundaristas fecharem a rodovia em frente à portaria da Universidade, a Reitoria convidou o recém estabelecido Comitê Pro-Cotas para defender a reserva de vagas no CONSU. Nesta reunião, o Reitor manifestou-se favorável à implantação da Reserva de Vagas, deliberando que fossem realizados alguns debates que tinham como objetivo a construção de um documento-base, referência para uma nova proposta de Resolução de Reserva de Vagas.
     Em setembro do mesmo ano, foi realizado na UESC um caloroso e qualificado debate, com a mesa composta pelos professores Naomar de Almeida Filho (Reitor da UFBA), Aluísio Belisário (representante da UERJ) e pela professora Ivete Sacramento(ex-reitora da UNEB). Na ocasião, a administração da Universidade compremeteu-se a iniciar o trabalho de construção coletiva da minuta de resolução com representantes do Comitê Pro-Cotas. 
   A partir deste evento, foram realizadas reuniões semanais entre os dois grupos que culminaram na sistematização da proposta  definitiva, prevendo 50% das vagas de cada curso destinada aos estudantes de escola pública e, deste percentual, 75% para os/as estudantes negros/as.  Como explicitada no link abaixo, a minuta de resolução previa também a criação de até 2 vagas por curso para estudantes indíos/as ou de comunidades remanescentes de quilombos, egressos de escolas públicas.
     Após três meses de mobilização no espaço acadêmico, junto a professores e estudantes dos mais diversos cursos, associada às pressões externas do movimento negro, esta proposta foi encaminhada à votação do Conselho Superior de Ensino, Pesquisa e Extensão (CONSEPE), que, numa reunião histórica, em dezembro de 2006, aprovou a Política de Cotas Raciais no Vestibular da UESC. A votação do CONSEPE foi acompanhada por vários militantes dos movimentos negros regionais, que simbolicamente ocuparam um lado da plenária e, entre fala e ações, demonstraram quão importante foi este passo dado pela efetiva democratização da UESC.