A Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós-Graduação – PROPP – é responsável pelas atividades concernentes à pesquisa e à Pós-Graduação da UESC. É composta por uma pró-reitoria, uma gerência e subgerência de pós-graduação e uma gerência e subgerência de pesquisa.
A PROPP direciona suas ações para uma política de pesquisa, para consolidação dos cursos de pós-graduação stricto sensu e lato sensu e para capacitação docente, buscando estimular e coordenar a produção do conhecimento.
Na pós-graduação, a PROPP atua na capacitação de docentes na consolidação dos programas de pós-graduação e na ampliação e melhoria de sua infra-estrutura. São oferecidos cerca de 16 cursos de especialização e 07 cursos de mestrado próprios (Desenvolvimento Regional e Meio Ambiente, Cultura e Turismo, Genética e Biologia Molecular, Zoologia Aplicada, Sistemas Aquáticos Tropicais, Produção Vegetal e Mestrado em Ciência Animal) além de um Doutorado em Genética e Biologia Molecular.
Para os alunos de graduação existem os Programas de Iniciação Científica – Programa de Iniciação Científica (PROIIC), Programa de Iniciação Científica Voluntário (PROIICV), Programa Institucional de Bolsas de Iniciação Científica do CNPq (PIBIC), Programa de Bolsas Institucional de Iniciação Científica FAPESB e FAPESB JR para os interessados em participar de projetos de pesquisa na UESC.